Jonas Lukšė gimė 1940 m. Žiurlių k., Traupio seniūnijoje. Mokėsi Traupio pradinėje mokykloje. 1948 m. su visa šeima buvo ištremtas į Sibirą, iš kurio 1957 m. rudenį su motina, broliu ir seserimi grįžo į Lietuvą. 1957–1960 m. jis dirbo įvairius fizinius darbus: melioratoriumi, tiltų statytoju, miško kirtėju. 1960–1963 m. atliko privalomąją karinę tarnybą sovietinėje kariuomenėje, tarnavo Baltarusijoje dislokuotame dalinyje. 1964 m. grįžęs į Lietuvą, J. Lukšė apsigyveno Kaune, kur liko iki šiol. 1964–1965 m. baigė 8-ąją klasę, kartu mokydamasis ir meno mokykloje, pradėjo studijuoti Maskvos (Rusija) dailės insitute. 1965–1970 m. toliau mokėsi Kauno S. Žuko taikomosios dailės technikume, 1971–1977 m. studijavo Vilniaus dailės institute, įgijo architekto restauratoriaus išsilavinimą.
Mokydamasis jis dirbo Kauno namų statybos kombinate ir kitose organizacijose dailininku bei dailės mokytoju. Susidomėjo kraštotyra, įsitraukė į kraštotyrinę veiklą.
1978–2003 m. J. Lukšė dirbo Kultūros paminklų apsaugos inspekcijos Kultūros paveldo apsaugos tarnybos Kauno skyriuje architektu, 2003–2007 m. – Kauno miesto savivaldybės administracijos Urbanistikos ir architektūros skyriaus paminklotvarkos vyriausiuoju specialistu, kol išėjo į pensiją.
Jis suprojektavo ir įrengė Kauno memorialinių vietų ženklinimo simbolius – atminimo lentomis ir bareljefais paženklino apie 30 pastatų ir atmintinų vietų.
Nuo 1988 m. J. Lukšė įsitraukė į Lietuvos Atgimimo veiklą, dalyvauja politinių kalinių ir tremtinių organizacijų veikloje, yra Kultūrinės veiklos ir istorinės atminties išsaugojimo klubo „Likimai" narys. J. Lukšė yra Vaižganto draugijos narys (nuo 2006 m.), Karo istorijos centro veiklos organizatorius. Jis palaiko ryšius su Tarptautinės bendrijos „Memorial" Genocido tyrimo centru. Jis puikus Kauno istorinių vietų žinovas. Kauno turizmo informacijos centre kaip gidas rengia ir veda ekskursijas po pilies, tvirtovių ir fortų teritorijas.
J. Lukšė drauge su Vladimiru Orlovu parengė ir išleido atlasą „Kauno tvirtovė" (2007 m.), sudarė ir iliustravo Lietuvos partizaninės kovos, tremties, tautinio atgimimo paminklų fotoalbumą „Atmintis atgijusi paminkluose" (2011 m.). Laisvalaikiu tapo ir piešia paveikslus, daugiausia peizažus. 2012 m. išleido albumą „Kauno miesto Aleksoto seniūnijos istorinių ir kultūros paveldo statinių piešiniai".
Kauno miesto savivaldybė J. Lukšę apdovanojo 3-ojo laipsnio „Santakos" Garbės ženklu (2011 m.).
